Oba motocykly, Ninja e-1 i Z e-1 jsou seriově vybaveny dvěmi vyjímatelnými lithium-iontovými bateriemi. To, že máte k dispozici dvě baterie zvyšuje flexibilitu motocyklu a můžete tak využívat motocykl i na delší cesty. Lithium-iontová baterie váží každá 11,5 kg. Nabíjení motocyklu lze provést připojením stroje přímo k nabíječce napájené z domácí zásuvky. Samozřejmě lze baterie vyjmout a nabít mimo motocykl. Doba nabíjení jedné baterie je přibližně 3,7 hodiny na plné nabití, nebo 1,6 hodiny při částečném nabití (z 20 % na 85 %).
*Nabíjení mimo motocykl je třeba provádětt nabíječkou k tomu určenou, která je daná výrobcem. Protože nabíječka odebírá ze sítě střídavý proud a převádí ho na stejnosměrný proud potřebný k nabíjení baterie) a je umístěna mimo motocykl.